SEQUENZIAMENTO RNA
Utilizziamo tecnologie di Next Generation Sequencing che permettono l’analisi dell’RNA totale (WTS), ma anche l’analisi specifica di RNA codificanti (RNA-seq) oppure microRNA (miRNA-seq).
PREPARAZIONE DEL CAMPIONE
ESTRAZIONE
Estrazione dalle diverse matrici (es. sangue, plasma, paraffinati, tessuto fresco e saliva) con kit ottimizzati per l’analisi NGS richiesta.
CONTROLLO QUALITÀ
Ci avvaliamo dei principali strumenti di verifica della qualità e quantità del DNA estratto, quali NanoDrop, LabChip e Qubit.
SEQUENZIAMENTO
Il protocollo di preparazione libreria e il tipo di sequenziamento dipendono strettamente dallo scopo dell’indagine.
| RNA-seq | WTS | miRNA-seq | |
|---|---|---|---|
| Tipo di RNA isolati | Per lo più codificanti (con coda poly-A) | Codificanti e non codificanti | microRNA |
| Metodo di selezione | Selezione dei poly-A | Deplezione rRNA | Selezione di miRNA maturi (3’ OH, 5’ P) |
| Libreria di sequenziamento | 75SE / 75PE / 150PE | 75SE / 75PE / 150PE | 75SE |
ANALISI BIOINFORMATICA
| Analisi Bioinformatica di I livello | Analisi Bioinformatica di II livello | Analisi Bioinformatica di III livello | |
| Demultiplexing | |||
| Produzione dei file FastQ | |||
| Allineamento su reference | |||
| Analisi di espressione dei geni noti | |||
| Analisi di espressione delle isoforme |
* Su richiesta, possiamo sviluppare pipeline custom, che possono includere analisi differenti e/o aggiuntive rispetto a quelle in tabella.
