METAGENOMICA
Utilizziamo protocolli di Next Generation Sequencing che permettono l’analisi delle comunità microbiche sequenziando un gene a scelta (Sequenziamento di ampliconi 16S o ITS) oppure l’intero genoma o trascrittoma (sequenziamento dell’intero genoma microbico oppure sequenziamento shotgun della comunità microbica).
PREPARAZIONE DEL CAMPIONE
ESTRAZIONE
Estrazione del DNA da diversi campioni biologici con kit ottimizzati per l’analisi NGS richiesta.
CONTROLLO QUALITÀ
Noi di Personal Genomics ci avvaliamo dei principali strumenti di verifica della qualità e quantità del DNA estratto, quali NanoDrop, LabChip e Qubit.
SEQUENZIAMENTO DI AMPLICONI (16S o ITS)
Il sequenziamento del 16S rRNA e dell’Internal Transcribed Spacer (ITS) sono le principali applicazioni dello sequenziamento di ampliconi in metagenomica.
Questo tipo di sequenziamento permette di identificare e comparare le specie batteriche o fungine presenti in un campione.
SEQUENZIAMENTO SHOTGUN DELLA COMUNITÀ MICROBICA
Il sequenziamento shotgun della comunità microbica permette di analizzare l’intero genoma o trascrittoma dell’intera comunità di microorganismi (metagenoma/metatrascrittoma) contenuta in un campione.
SEQUENZIAMENTO E ASSEMBLAGGIO DEL GENOMA MICROBICO
Sequenziamento shotgun dell’intero genoma batterico e assemblaggio de novo.
